1996 hatte man erneut festgestellt, dass der Wollingster See weiterhin stark verlandet. Das ist deswegen eine einschneidende Veränderung, weil mit der Verlandung der Flachwasserzonen auch die dort bisher lebenden Tiere und Pflanzen verdrängt oder aussterben würden. Es gäbe nicht mehr die in Deutschland einzigartige Dreisamkeit von Lobelie, Standling und Brachsenkraut.
Der See verlandet deshalb, weil er sich zunehmend mit Nährstoffen anreichert. Dadurch wird das Wachstum von Pflanzen wie Schilf, Moosen und Seggen gefördert, die sich stark ausbreiten und die ursprüngliche Vegetation zurückdrängen. Aufwuchs- und Plankton-Algen machen regelmäßige Massenentwicklungen durch. Schließlich führt dieses starke Wachstum der Pflanzen dazu , dass der See verschlammt und in der Tiefenzone lebensfeindlich wird.
Da der Wollingster See keine oberirdischen Zuflüsse hat, gelangen die Nährstoffe auf anderen Wegen ins Gewässer . Da er auch nur geringe Abflüsse hat, können die von außen in den See gekommenen Nährstoffe nur langsam aus dem See entweichen. Man macht verschiedene Ursachen für die Anreicherung von Nährstoffen im See verantwortlich:Eine wichtige Rolle spielt die Landwirtschaft, die nicht weit vom See entfernt intensiv wirtschaftet. Gülle, Dünge- und Pflanzenschutzmittel konnten früher sogar direkt in den See gelangen; eine unmittelbar an den See angrenzende Weide wurde inzwischen aber (vom BUND) gekauft und wird nicht mehr gedüngt. Heute kommen starke Einträge an düngenden Stickstoff- und Phosphor-Verbindungen vor allem auf dem Luftpfad in den See und auf seine benachbarten Flächen (v.a. den „Seeberg“), die über das Grundwasser mit ihm in Verbindung stehen. Diese Belastungen stammen aus Verbrennungsprozessen (auch aus den Kraftfahrzeugen), aber z.B. auch aus „normaler“ Gülle und Dung von Massentierhaltungen.
Der Bremerhavener Touristenverein der Naturfreunde betreibt am Wollingster See ein Unterkunftshaus mit zusätzlichem Campingwagenbetrieb. Auf ihrem eingehegten, teilweise zum Naturschutzgebiet gehörenden Gelände können sich die Naturfreunde uneingeschränkt bewegen; außerhalb halten sie sich wie andere Besucher an die Einschränkungen des Naturschutzgebietes
Durch den an sich verbotenen, aber noch gedulteten, tageweise starken Bade- und Freizeitbetrieb im Sommer und das mitunter rücksichtslose Verhalten von solchen Seegästen wird insbesondere der Flora am See jedes Jahr ein großer Schaden zugefügt. Darüber hinaus wird Müll nicht immer in die dafür aufgestellten Behälter geworfen und verschandelt und beeinträchtigt die Natur. Letzendlich kommen durch die Badenden auch belastende Düngestoffe und Sonnenöle in den See. Öffentliche Toiletten gibt es nicht..
Regelmäßig werden von den Anglern im See neue Fische ausgesetzt. Die Fischpopulation stieg früher dadurch an. Heute werden im wesentlichen nur noch räuberische Fische eingesetzt, die einen zu starken Fischbestand regulieren und das Gewässer-Ökosystem dadurch günstig beeinflussen helfen.
Da sich am See Gehölze immer weiter ausbreiteten, wurde der Einfluss des Windes auf den Wollingster See immer geringer. Der Wind hat immer das Wasser bewegt, wodurch Sauerstoff eingetragen und der Stoffabbau gefördert wurde. Durch Laubfall wurde der See zusätzlich belastet. Auf fast allen an den See angrenzenden Flächen wurden deshalb inzwischen vom Förderverein Bäume und Sträucher entfernt; das Heidewachstum wird dagegen gezielt gefördert.
Stoppt man die genannten, belastenden Entwicklungen nicht, ist abzusehen, dass sich der See noch weiter mit Nährstoffen und Schlamm anreichert. Wie schon erwähnt, können sich dann viele hier unerwünschte Pflanzen wie das Schilf stark ausbreiten. Aber auch Mikrooorganismen (Kleinstlebewesen wie die im Wasser schwebenden Planktonalgen) wachsen dann verstärkt. Sie trüben das Wasser und schaden insbesondere den am ufernahen Seeboden lebenden Lobelien und Brachsenkräutern, , die Licht zum Leben brauchen. Dass sich Kleinstlebewesen, Schilf und bestimmte Wassermoose unter normalen, d.h. nährstoffarmen Bedingungen nicht zu stark entwickeln können, liegt daran, dass sie viele Nährstoffe zum Wachsen brauchen.